После всплеска популярности предыдущих лет к началу 1990-х аниме переживало кризис финансирования. Бюджеты занижались и многообещающие проекты сворачивались за недостатком средств. Критики отмечали также падение качества аниме-сериалов и фильмов, связанное с возвратом к проверенным временем сюжетам и конструкциям. Продюсеры не хотели рисковать, поддерживая дорогостоящие экспериментальные фильмы.


Ситуация изменилась с выходом в 1995-м году, возможно, самого неоднозначного телесериала за всю историю аниме, «Евангелион» («Neon Genesis Evangelion»). Режиссировавший его Хидеаки Анно со студии «Gainax», сам являясь отаку, превратил довольно-таки банальный образчик жанра меха в нечто чрезвычайно запутанное, психологичное и подразумевающее огромное количество скрытых смыслов. Говорят, что Анно стремился сделать аниме «от отаку для отаку», и одновременно выразить свою точку зрения на проблемы этого сообщества. Так или иначе, под конец сериала режиссёр окончательно перестаёт сдерживать себя рамками осмысленности происходящего, и обращается к любым доступным ему, пусть даже весьма диковинным, решениям, чтобы выразить свои мысли на экране. Вышедшие впоследствии два аниме-фильма, «Evangelion: Death and Rebirth» и «The End of Evangelion» (оба — 1997), лишь развили такую манеру рассказа.

Будучи вначале поставлен в детский таймслот, «Евангелион» был крайне непопулярен, несмотря на изначальную свою принадлежность ко вполне симпатичному детям меха. Несколько серий спустя таймслот был изменён, и в своём новом качестве Евангелион неожиданно завоевал внимание публики. В короткие сроки сериал стал невероятно известен в Японии, а вскоре и среди поклонников аниме по всему миру. Рассказанная сумбурно, скомкано, с использованием множества артхаусных приёмов история бегущего от реальности мальчишки оказалась принята так хорошо, что десять лет спустя объёмы продаж сопроводительных товаров — фигурок героев, коллекционных предметов — всё ещё достаточно велики.

Влияние «Евангелиона» на аниме-индустрию было столь велико, что породило даже ряд так называемых «пост-Евангелион» сериалов. Большинство из них также относятся к жанру меха и имеют какой-либо религиозный, философский или психологический подтекст. Примерами таких сериалов могут служить «RahXephon», «Brain Powered» и «Gasaraki». Ещё одна порождённая «Евангелионом» — или, по крайней мере, получившая благодаря этому сериалу второе дыхание, — стилизация сериалов — это «психоделика», странные или крайне необычные, спорные сериалы. После выхода «Эксперименты Лэйн» (1998) полуночное телевидение стало плацдармом для обкатки многих экспериментальных сериалов. Среди последних «Boogiepop Phantom» (2000), «Texhnolyze» (2003) и «Агент паранойи» (2004).