Одолевающие Акацуки в трудном бою с участием Наруто, который повергает их лидера, жители Конохи заново отстраивают разрушенную деревню. Между тем закончивший обучение у Орочимару Учиха побеждает своего учителя и мстит Итачи за гибель своего клана. Растерзав Итачи в смертельной схватке, Саскэ узнает, что за исчезновением клана стоит высшее правление Конохи, которое ее организовало. Это открытие заново разжигает гнев Саскэ, теперь направленный против Конохи, и он присоединяется к Акацуки с целью уничтожения родной деревни.

Во второй части повествуется о событиях, которые имеют место 2, 5 года спустя первой части манги. Сподвижники криминальной группы Акацуки, целью которой является заполучить всех имеющихся хвостатых демонов, так же и заточенного внутри Наруто 9-ти лиса, начинает получать все больший и больший вес в мире манги.