Орочимару владеет сверхъестественной способностью обмениваться телами с другими людьми и желает заполучить тело участника наиболее одаренного клана в рядах ниндзя. Клан этот зовется Учиха, а имя одного из клана Саскэ, чьи наследственные способности Орочимару считает подходящими для себя. Пологая, что Орочимару даст ему возможность отомстить своему старшему брату по имени Итачи. Став более сильным, Саскэ Учиха без чьего-либо воздействия приходит к Орочимару.

Желание Наруто заключается в получении звания хокагэ, для чего по течению сюжета герой овладевает необходимыми умениями, а также находит новых друзей из числа жителей Конохи. Очень скоро селение становится жертвой разбойного нападения со стороны разыскиваемого бандита, беглого ниндзя Орочимару и его сподвижников, убивающих третьего хокагэ.

Месть для Саскэ, последнего из числа клана, который до начала описаний манги растоптал Итачи, становится смыслом жизни. Стараясь призвать обратно ушедшего Саскэ, Наруто покидает поселение с целью отдать себя тренировкам под патронажем бывшего товарища Орочимару, великого ниндзя Джирайи, который должен приготовить его к возможной войне с Саскэ при последующей их встрече.

Молодой парень Наруто Удзумаки, по сюжету серии, представляется основным ее героем, а также обладателем запечатанного в нём девятихвостого демона-лиса, который напал на его родное поселение, Коноху, за 12 лет до старта событий описываемых в манге. Пожертвовав жизнью ради спасения Конохи, глава поселения, четвертый хокагэ, запечатал демона в теле Наруто, своего сына. Ввиду того, что Наруто теперь хранил в себе всю мощь девятихвостого лиса, хокагэ хотел, чтобы поселенцы считали его героем. Но вместо этого все возненавидели его, восприняв как воплощенного демона. Наруто узнает о своей исключительности лишь годы спустя и абсолютно случайно, так как рассказывать лисе все это время не позволялось.

В начале манги Наруто зарабатывает титул гэнина, новичка ниндзя, в результате того, что наконец-то прекращает дающееся ему с огромным трудом обучение в школе ниндзя. Под управлением профессионального сэнсэя, Какаси Хатакэ, герой составляет команду, в составе которой три человека, себя и двух своих приспешников, Сакура и Саскэ.